因為艾滋病龐雜而多樣的病癥，在臨床上與別的很多疾病常表示出類似的病癥，而易形成誤診，故在診斷艾滋病時應留意加以辨別。

發燒、瘦削、疲憊、有力，這些表示艾滋病病征的征象需和其他沾染性病（如結核病、沙門氏菌屬病等）、本身免疫性疾病（如紅斑狼瘡）、膠原性疾病、血友病的某些相似病癥相辨別。

淋趨承腫大，需與引發淋趨承腫大的卡波濟贅瘤、淋巴瘤、何傑金氏病、淋趨承核、血友病相辨別，特別應留意與比年來在同性戀中發明的良性性病性淋趨承病綜合征（GINS）相辨別。

皮膚轉變，艾滋病病人多產生的蕁麻疹、滿身性搔癢癥及尖利濕疣、打仗性軟疣等需與伴皮膚轉變的卡波濟贅瘤、皮膚粘膜紫癜、白血病的某些皮膚病癥相辨別。

艾滋病能經由過程性打仗流傳，它所表示出的皮膚粘膜表征需與別的性病相辨別，如淋病、梅毒、軟性下疳和性病性淋巴肉芽腫等，但上述這些性病都有顯著的部分病癥及特異的檢測手腕，且醫治也相對輕易，無艾滋病所獨有的免疫學轉變，也是辨別要點之一。

艾滋病的血液學與免疫學的轉變需與單核細胞增加癥，和應用免疫克制劑和別的緣故原由引發的免疫克制疾病的辨別。

在艾滋病初期表示出的疲憊、煩悶、嗜睡等病癥尚需與稱為“假性艾滋病綜合征”的精力病癥相辨別。別的，在兒童艾滋病診斷時，也需留意與兒童發育緩慢癥等相辨別。